Evropská komise navrhla 28. září 2016 povinnost pro všechny zájmové skupiny hájící své zájmy u institucí Evropské unie zapsat se do společného rejstříku transparentnosti. Návrh, který je součástí meziinstitucionální dohody, stanovuje, jak by měl nový rejstřík fungovat. Povinná registrace se má týkat nejen nejvyšších představitelů Evropské komise, ale také Evropského parlamentu a Rady. Setkání zástupců zájmových skupin s těmito vrcholnými představiteli bude podmíněno zápisem v rejstříku transparentnosti, který stanoví stejná pravidla pro všechny tři orgány EU.
Aktuální dobrovolný rejstřík Evropské komise a Evropského parlamentu z roku 2011 čítá 10 tisíc organizací a jednotlivců, kteří své zájmy hájí u institucí EU. Mezi zapsané subjekty patří např. soukromé firmy, podnikatelské reprezentace či asociace hájící různé zájmy. Najdeme v něm ale i sociální partnery. Rejstřík je svého druhu největší na světě, dokonce předstihl rejstřík lobbistů v USA. Lobbisté zapsaní v rejstříku souhlasí s dodržováním etického kodexu, který upravuje interakci s politickými lídry a úředníky EU. Při zápisu do rejstříku transparentnosti subjekty uvádějí svůj profil, oblasti zájmu a objem financí vynaložený na hájení zájmů na půdě EU. Aktuální forma rejstříku je dobrovolná, otevírá však dveře k jednání v Komisi. Od 1. prosince 2014 zveřejňuje Evropská komise na svých internetových stránkách setkání s vrcholnými představiteli Komise, se členy kabinetu a s generálními řediteli. Bez zápisu v rejstříku setkání s představiteli Komise na nejvyšší úrovni není možné. Tento postup chce Evropská komise rozšířit i na další instituce EU – Evropský parlament a Radu EU.
Evropská komise ve svém zářijovém návrhu stanovila pro každou ze tří institucí případy, které jsou podmíněny zápisem do rejstříku transparentnosti. V případě Evropského parlamentu se jedná o přístup do jeho prostor, účast na veřejných slyšeních a jednáních pracovních skupin, účast na akcích v prostorách Parlamentu, udělování záštity či zasílání automatických zpráv o aktivitách Parlamentu. V případě Rady se jedná o setkání zájmových skupin s velvyslancem nebo jeho zástupcem současného a nadcházejícího předsednictví v Radě EU, dále pak s tajemníkem Generálního sekretariátu Rady a Generálních ředitelů GS Rady. Stejně tomu je u automatických zpráv o aktivitách Rady. Sama sobě Komise naordinovala pokračovat v zaběhlém postupu při jednání s nejvyššími představiteli Komise. Dále navrhla povinný zápis pro členy expertních skupin, pro udělování záštity, pro zasílání automatických zpráv o veřejných konzultacích a aktivitách Komise. Komise se také zavázala vytvořit příslušnou webovou stránku pro veřejné konzultace, složení expertních skupin a jednání spadající pod pravidla rejstříku.
Rejstřík by měl dostat poprvé oficiální strukturu řízení. Komise navrhuje zřídit sekretariát, jehož úlohou by mělo být podávání zpráv Správní radě, která by se měla tímto návrhem zřídit. Sekretariát bude monitorovat uváděné informace a kontrolovat jejich správnost. V případě nepravdivých informací bude mít možnost daný subjekt z rejstříku vymazat.
Do rejstříku se mohou zapojit dobrovolně i další instituce EU, agentury či kanceláře. Rovněž členské státy budou moci na dobrovolné bázi vyžadovat od zájmových skupin zápis do rejstříku pro případ, že tyto vyjádřily zájem o setkání.
Komise si je zároveň vědoma, že jsou činnosti, které nelze považovat za ovlivňování legislativního procesu jako sociální dialog, mediace či smírčí řízení nebo případy, kdy jsou vykonávána základní práva jako právo na ochranu před administrativními postupy. V tomto případě není zápis do rejstříku povinný. Povinnost se také nevztahuje na politické strany, veřejné orgány, veřejné instituce či náboženské asociace.
Snahy zlepšit transparentnost jsou pozitivní, stejně jako narovnat podmínky pro všechny tři instituce. Důležité však bude nastavení podmínek tak, aby bylo zajištěno, že budou vymahatelné a nebudou obcházeny. Komise také musí stanovit jasný výpočet výdajů na hájení zájmů v případě platforem a asociací, které mají více členů. V mnoha případech může docházet k duplikaci uváděných částek. Efektivní fungování bude zajištěno jedině tehdy, pokud budou stakeholdeři motivováni a budou mít záruku transparentního procesu. Stále například nejsou postupy transparentní v případě komitologických výborů či při jednáních v rámci trialogů.